De eerste kwalificatiesessie voor de Grand Prix van Maleisië werd verreden onder compleet droge omstandigheden, terwijl de dreiging van regen en onweer aan de oostkant van Sepang flink toenam. De donkere lucht trok tijdens sessie twee over het circuit, waardoor de baan kletsnat werd en sessie drie uitgesteld werd.
Tijdens de twee sessie konden de rijders allemaal op droogweerbanden en tijd noteren. Voor enkele mannen kwam de regen echter wel net te vroeg. Lewis Hamilton had nog geen toptijd genoteerd toen de baan kletsnat werd en hij terug naar de ptis moest, waardoor hij als achtste de tweede sessie afsloot. Voor Max Verstappen was de timing een stuk beter, hij noteerde op een droge baan de zevende tijd en verzekerde zich daarmee van een plaats in de derde en laatste kwalificatiesessie.
Beide McLaren coureurs kenden een uiterst lastige kwalificatie, geen van de twee wist een tijd te rijden die hen een plek in Q2 opleverde. Alonso en Button bleven steken in Q1 op de zeventiende en achttiende positie, waarbij Button zijn Spaanse teamgenoot achter zich hield.
Halverwege de tweede sessie viel de regen met bakken uit de lucht en besloot iedereen binnen te blijven. Nadat de sessie was afgelopen gaf de racedirecteur het signaal om de derde sessie uit te stellen in afwachting van beter weer. Uiteindelijk lag de tijdtraining zo’n 35 minuten stil, waarna iedereen op natweeerbanden de baan weer op ging. Max Verstappen zette vroeg in de laatste sessie de derde tijd op de klokken en liet daarmee zien ook in de regen uitstekend uit de voeten te kunnen met zijn Toro Rosso.
Max Verstappen verraste vriend en vijand door naar de zesde positie te trainen voor Felipe Massa. Vettel noteerde de tweede tijd en hield daarmee Rosberg achter zich.
1 Lewis Hamilton
2 Sebastian Vettel
3 Nico Rosberg
4 Daniel Ricciardo
5 Daniil Kvyat
6 Max Verstappen
7 Felipe Massa
8 Romain Grosjean